粤港澳大湾区的创新发展面临六大挑战：一是高等教育的发展。二是城市配套的完善。三是基础研究的加强。四是发展目标的长远。五是经济体制的融合。六是国际环境的稳定。积极创造促进创新发展的条件，努力改善和处理好这六个方面的问题，才能使粤港澳大湾区的创新发展不仅是口号，更是真正成为湾区经济、中国经济以及世界经济可持续增长的动力。